/etc/resolv.confをvagnrantで導入したものと比較したらおかしかった
なぜか2つ入っていた
/etc/resolv.conf
#nameserver 10.x.x.x

nameserver 127.0.0.1
修正
vagrantできちんと使えてるアドレスに修正したらpkgもportsnapも普通に使えた
/etc/resolv.conf
nameserver 10.x.x.x

#nameserver 127.0.0.1
結論